军机处最大的作用，就是帮助雍正皇帝处理军务。毕竟这是一件大事。仅靠雍正一人，自然无法处理。如果是过去的办事方式，又会产生许多阻碍。过去皇帝与官员来往的文书，需要再经过内阁，内阁拥有票拟的权力。也就是说，如果是雍正皇帝下达一项命令，需要经过内阁，再交给百官。
所以，雍正从大臣当中，挑选了一批既忠心又能干的人，放在自己身边。既可以当作顾问，随时咨询意见，也可以把事情直接交给他们办理。不过，这些人在军机处，并没有固定编制，也没有正式官职。
他们更像是被临时抽调出来的精英。现在，雍正通过设立军机处，将大权牢牢地抓在自己手里。雍正下发的命令，可以交由军机处，直接发给下面百官处理。
不过，雍正这场对准噶尔汗国的征战还是失败了，但军机处却被保留下来。中间虽然经历了一次废除，但被恢复后，权力却变得更大。军机处不只是处理军务，他们涉及的范围越来越大。从人事、外交、政务、钱粮等等。
因为当中涉及到许多的机密，所以，保密工作必须做好。在军机处，除了军机大臣，以及那些不识字，供使唤的幼童外，其余人，一律不得擅自进入。即便军机大臣有旨意，也得站在外面宣布，更不能随意将外人带入。而且，为了防止被窥视机密，还会有官员专门负责审查。
不过，这种让军机处权力大增的情况，恐怕就连雍正皇帝自己也没想到。他架空了内阁，却让军机处的权力，远远超过了内阁。这就等于，在皇帝的权力下，重新形成了一个能够威胁到皇权的机构。尤其是和珅当军机大臣的时候，因为他还兼任御前大臣。这使军机处的权力，无限接近皇帝本人。这也让皇帝跟军机处之间，产生了天然的矛盾。
所以，清朝后来的皇帝，对军机处都严加防范。乾隆时期的规定，军机大臣能干长期的。道光皇帝的规定，奏折必须先交给皇帝，再送到军机处。他们这么做，只有一个目的，把大权牢牢地抓在自己手中。
不过，作为跟皇帝最接近的机构，军机处依然是身价倍增。在整个清朝始末，大臣回答皇帝问话的时候，都要跪着回答。而在乾隆时期，军机大臣破例可以加一个毡垫。当然，还得继续跪着。
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