太康十年，祖逖被阳平郡的郡府推举为孝廉，又被司隶推举为秀才，但是祖逖都没有从命。
元康元年，八王之乱爆发，祖逖得到重视，先后效力于齐王司马冏、长沙王司马乂、豫章王司马炽，历任大司马府掾属、骠骑将军府祭酒、主簿、太子中舍人、豫章王府从事中郎。
永嘉五年，洛阳沦陷，祖逖率领数百家的亲信南下到淮泗躲避战乱。到达泗口（今江苏徐州）后，祖逖被琅琊王司马睿任命为徐州刺史，不久又被征为军谘祭酒，率领部下驻扎在京口（今江苏镇江）。
建兴元年，晋愍帝即位，以司马睿为侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，向晋愍帝请求率兵去洛阳勤王。当时，司马睿正开拓江南，根本无意北伐。司马睿虽 然不愿北伐，却也不便公开反对，晋愍帝于是任命祖逖为奋威将军、豫州刺史，但却只拨给祖逖千人粮饷、三千匹布帛，让他自己去招募战士，制造兵器。
太兴二年，祖逖率军进攻蓬关（在今河南开封），讨伐陈川。在浚仪与石虎交战，后来祖逖大败退至淮南。
祖逖所率部下军纪严明，得到了各地人民的积极响应。在几年内，收复了黄河以南的大片土地，使得石勒不敢南侵，祖逖因而被进封为镇西将军。然而历史上的大将们最后基本都没什么好下场。因为朝廷忌惮祖逖势力强盛，还派戴渊来牵制他。
大兴四年，因为朝廷内的明争暗斗，国家日渐衰弱，祖逖忧虑而死。祖逖死后被追封为车骑将军，他的部下也被弟弟祖约接管过去，但是随着祖逖的死亡，北伐大业也因此功败垂成。
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